澳門海事博物館的歷史可追溯至1919年，當時，名為「海事及漁業博物館」的海事博物館還位於港務局大樓內。1934年該館遷往外港的空軍飛機庫，1945年因被懷疑飛機庫內儲有日軍汽油而遭美軍空襲炸毀。1987年，海事博物館重建工程啟動。新選址於內港的入口處，面對著繁忙的航道，旁邊是歷史悠久的媽閣廟，正是為了凸顯澳門與海洋的深厚淵源。

1990年6月24日，博物館開幕，總面積為2,400平方米，外形看似一艘白帆三桅船。海事博物館的建立，旨在保存和展示澳門豐富的海事歷史與文化。如今，館內不僅收藏了各式船模、航海儀器、地圖和圖文資料，還通過現代化的展覽方式，重現了澳門在海上絲綢之路中的關鍵角色，以及華人與葡人在航海、貿易和漁業方面的交流記錄與文獻。